รัฐบาลญี่ปุ่นโดยกระทรวงกลาโหมได้ยื่นการประท้วงอย่างรุนแรงกับรัสเซีย หลังจากเครื่องบินรัสเซียละเมิดเข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่น 2 ครั้งในระยะเวลาใกล้เคียงกัน มีการตั้งข้อสังเกตว่าเครื่องบินเจ็ตของญี่ปุ่นถูกรบกวนเพื่อสกัดกั้นเครื่องบินรัสเซีย
กระทรวงกลาโหมกล่าวว่าเครื่องบินของรัสเซียได้บินเข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่นสองครั้งที่ปลายด้านตะวันออกของคาบสมุทรชิเรโตโกะในฮอกไกโด เหตุเกิดในเช้าวันอาทิตย์ที่ 12 ก.ย.2564 กองกำลังป้องกันตนเองทางอากาศเข้าประจำการกับเครื่องบินขับไล่ และเครื่องบินออกจากพื้นที่หลังจากที่หน่วยทหารอากาศญี่ปุ่นเตือนให้ออกจากพื้นที่ผ่านทางวิทยุสื่อสาร
เมื่อวันจันทร์ที่ 13 ก.ย.2564 นายคัตสึโนบุ คาโตะ(Kato Katsunobu) หัวหน้าเลขาธิการคณะรัฐมนตรีญี่ปุ่น กล่าวกับผู้สื่อข่าวว่า รัฐบาลได้ยื่นประท้วงผ่านนักการทูตระดับสูงในโตเกียวและมอสโกเมื่อวันก่อน โดยเรียกร้องให้ฝ่ายรัสเซียป้องกันไม่ให้เกิดเหตุการณ์ซ้ำขึ้นอีก
คาโตะ กล่าวว่ารัฐบาลกำลังตั้งคำถามว่า ทำไมเครื่องบินรัสเซียถึงเข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่นในช่วงเวลานี้ แต่เขาของดเว้นการแสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับสาเหตุของการละเมิดน่านฟ้าในครั้งนี้
กระทรวงกลาโหมเปิดเผยว่าเครื่องบินรัสเซียเป็นเครื่องบินขนส่ง Antonov An-26
และเมื่อวันอาทิตย์12 ก.ย.2564 เครื่องบินดังกล่าวได้เข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่นโดยไม่ได้รับอนุญาตในบริเวณคาบสมุทรชิเรโตโกะบนเกาะฮอกไกโด กระทรวงกล่าวว่าเครื่องบินดังกล่าวเข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่นสองครั้งและเปิดเผยภาพถ่ายของเครื่องบินรัสเซีย ที่บันทึกภาพจากเครื่องบินรบญี่ปุ่นซึ่งบินประกบพาเครื่องบินรัสเซียออกจากน่านฟ้าญี่ปุ่น
โตเกียวยังได้ส่งคำขอไปยังรัสเซียผ่านช่องทางการทูตเพื่อป้องกันเหตุการณ์ดังกล่าวในอนาคต
เรื่องนี้ทางการมอสโกปฏิเสธว่าเป็นการบุกรุกและเครื่องบินลำดังกล่าวเป็นเครื่องบินพลเรือน ไม่นานมานี้มีรายงานเครื่องบินทหารของมอสโกเข้าสู่น่านฟ้าของญี่ปุ่นโดยไม่ได้รับอนุญาตหลายครั้ง กระทรวงกลาโหมของญี่ปุ่นได้ประกาศว่าที่ผ่านมาก่อนหน้านี้ช่วงเดือนก.ค. 2564 มีเครื่องบินทิ้งระเบิดตูโปเลฟ ตู-95 อย่างน้อย 2 ลำจากกองกำลังป้องกันการบินและอวกาศของรัสเซีย ถูกพบบินอยู่เหนือเกาะมินามิไดโตะ ทางตะวันออกของโอกินาว่า และเหนือเกาะฮาจิโจ ทางตะวันออกเฉียงใต้ของโตเกียว
โฆษกหญิงของกระทรวงกลาโหมญี่ปุ่นแถลงว่า เครื่องบินทิ้งระเบิดทางยุทธศาสตร์แบบขีปนาวุธทั้ง 2 ลำ อยู่ในน่านฟ้าเป็นเวลาสามนาที โดยมีการบันทึกช่วงเวลาของการละเมิดน่านฟ้า 08:53 น. และ 10:21 น. ตามลำดับ กองกำลังป้องกันตนเองทางอากาศของญี่ปุ่น ได้ส่งเครื่องบินขับไล่บินประกบ เพื่อเตือนเครื่องบินทิ้งระเบิดของ รัสเซียเหล่านี้ให้ออกจากน่านฟ้า