ธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ เคยเสนอตัดงบโครงการบรรเทาอุทกภัยเมืองนครศรีธรรมราช อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ที่ประชุมกมธ. พิจารณาร่าง พ.ร.บ.งบประมาณ 2564
จากกรณีที่ นายธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ ประธานคณะก้าวหน้า ได้นำทีมผู้สมัคร นายก อบจ.ในจังหวัดต่างๆ ไม่ว่าจะเป็น สมุทรสงคราม ปราจีนบุรี ระยอง ลงพื้นที่หาเสียงเลือกตั้ง ซึ่งในหลายจังหวัดก็เกิดเหตุการณ์การต่อต้านนายธนาธร เพราะมองว่า นายธนาธรเป็นคนต่อต้านสถาบัน และต้องการที่จะปฏิรูปสถาบัน ซึ่งทำให้คนที่จงรักภักดีไม่พอใจ ทำให้เกิดกระแสต่อต้านหลายครั้ง และเมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายนที่ผ่านมา นายธนาธร ได้เดินทางไปจุงหวัดนครศรีธรรมราช ก็มีคนรักสถาบัน ออกมาต่อต้านขับไล่นายธนาธร ซึ่งในขณะนี้ที่จังหวัดนครศรีธรรมราช ได้เกิดอุทกภัยน้ำท่วมในหลายพื้นที่ ซึ่งมีชาวบ้านได้รับผลกระทบกว่า 184,000 ครัวเรือน
ย้อนไปเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2563 ที่ประชุม กมธ. พิจารณาร่าง พ.ร.บ.งบประมาณ พ.ศ.2564 มีการพิจารณางบประมาณแผนงานบูรณาการ 2 ธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ ที่ปรึกษา กมธ. ได้อภิปรายเสนอให้ตัดงบประมาณโครงการอ่างเก็บน้ำบ้านเหมืองตะกั่ว จังหวัดพัทลุง และโครงการบรรเทาอุทกภัยเมืองนครศรีธรรมราชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เนี่องจากประชาชนไม่ได้ประโยชน์และมีโครงการอื่นที่ต้องการ มีความจำเป็นมากกว่า ธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ จึงเสนอให้ตัดงบประมาณโครงการอ่างเก็บน้ำเหมืองตะกั่วออก ที่ประชุม กมธ.งบประมาณฯ ลงมติเห็นด้วย 22 เสียง ไม่เห็นด้วยกับการตัดงบประมาณ 21 เสียง และงดออกเสียง 9 เสียง ส่งผลให้ข้อเสนอของธนาธรให้ตัดงบประมาณโครงการอ่างเก็บน้ำบ้านเหมืองตะกั่ว จังหวัดพัทลุง ชนะไปด้วยคะแนน 22 : 21 เสียง
นอกจากนี้ ธนาธรยังอภิปรายเพิ่มเติมในส่วนของแผนงานบูรณาการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ โดยกว่าว่าสำหรับโครงการบรรเทาอุทกภัยเมืองนครศรีธรรมราชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ถือเป็นโครงการขนาดใหญ่มาก ใช้งบประมาณทั้งสิ้น 9,580 ล้านบาท ซึ่งครอบคลุมพื้นที่ 6 ตำบลใน 2 อำเภอ สิ่งที่เป็นข้อสังเกตคือโครงการนี้ในช่วงการศึกษาวางโครงการ การทำประชาพิจารณ์ผิดหลักการ
ทั้งนี้ นายธนาธรยังกล่าวต่อไปว่า ที่ผมเสนอมาทั้งหมดไม่ได้หวังร้าย และเข้าใจดีว่าโครงการนี้ทำไปแล้ว แต่อยากให้มีการคิดให้ละเอียดก่อน คิดโดยใช้ข้อมูลที่เป็นวิทยาศาสตร์ นำข้อมูลเทคโนโลยีมาช่วยในการบริหารจัดการทั้งลุ่มน้ำหรือคิดโครงการน้ำ เพราะผมเชื่อว่าหากคิดทั้งหมดทีเดียวอาจไม่ต้องใช้งบประมาณถึง 9,500 ล้านบาท และผมเชื่อว่าทุกคนในประเทศไทยไม่ควรต้องเจอน้ำท่วมทุกปีๆ